B型肝炎疫苗
出生24小時內且出生體重達2,000克以上的寶寶應儘速接種第一劑疫苗，第二劑於滿月施打，滿6個月便可施打第三劑。
卡介苗
出生滿24小時且體重達2,500克的寶寶，若無其他特殊疾病問題，建議及早施打。
自（105）年1月1日起將卡介苗適合接種年齡由出生24小時後，調整為出生滿5個月，建議接種時間為出生滿5-8個月。
※若寶寶已接受「嚴重複合型免疫缺乏症」（SCID）的新生兒自費篩檢，應等待結果報告無異常後，再接種卡介苗疫苗。
除了卡介苗之外，還有麻疹、腮腺炎、德國麻疹疫苗的三合一疫苗、水痘疫苗、口服輪狀病毒疫苗等活性疫苗，因這些疫苗含有減毒但仍具活性的病菌，因此，若寶寶患有免缺陷相關疾病，則不能施打這些疫苗。
五合一疫苗
五合一疫苗就是包含白喉、破傷風、百日咳、B型嗜血桿菌、小兒痲痺等疾病的疫苗。
滿2個月可接種第一劑；滿4個月應接種第二劑；第三劑於滿6個月時接種；最後的第四劑則是滿2歲3個月接種。
流感疫苗
出生滿6個月大之後。
第一年需要打兩劑，兩劑間隔4星期，以後每年施打一次即可。
水痘疫苗
出生滿1歲後。
麻疹、腮腺炎、德國麻疹疫苗
第一劑在滿1歲時接種；第二劑於滿5歲後，再接種。
日本腦炎疫苗
滿1歲3個月接種第一劑；在第一劑接種完畢後2星期，再接種第二劑；
第三劑則於滿2歲3個月時接種；滿5歲後再接種第四劑即可。
肺炎鏈球菌疫苗
滿2個月大開始接種第一劑，滿4個月接種第二劑，第三劑為12至15個月以後。
輪狀病毒疫苗
素有幼兒國民病之稱的輪狀病毒為，幾乎每位5歲以下的嬰幼兒都被感染過，特別是秋冬交替季節。而目前臺灣有兩種口服輪狀病毒疫苗，分別為2劑型與3劑型，最早均可於1.5個月投予，服用間隔為1～2個月。
※自費疫苗，本所無施打。
A型肝炎疫苗
滿1歲時，可接種第一劑；第一劑後間隔6個月接種第二劑。
雖然臺灣本土很少見Ａ型肝炎案例，但是經口傳染的A型肝炎，容易透過從到中國、東南亞等流行地區回臺的人而傳染。若是家中成員時常至上述地區，建議寶寶也接種A型肝炎疫苗。
提醒家長：寶寶滿1歲後該項疫苗可與麻疹腮腺炎徳國麻疹混合、水痘、肺炎鏈球菌、日本腦炎及五合一等疫苗分開不同部位同時接種，保護幼兒健康。
常見疫苗副作用為何？
多數疫苗的安全性都頗高，但還是可能會產生一些副作用，如：發燒、注射局部腫脹、手腳痠痛、睡眠不安穩或是食慾不振等，這些輕微副作用至多2～3天內就會消除。如接種部位紅腫嚴重或經過數日不退、出現化膿或持續發燒，應儘速就醫。
只有極少數才可能發生危及生命或身體健康的嚴重副作用，如：全身過敏、過敏性休克等。醫師建議，接受疫苗後，應先留在原地觀察20～30分鐘，倘若30分鐘內並無明顯的過敏反應，產生其副作用的機會就大為降低，但像是全身長疹子等過敏反應，可能在1～2天內發生，家長要持續注意。
預防注射是公共衛生問題，部分家長連公費疫苗都不願施打，認為目前臺灣少有此傳染病，其實這是所有人施打之後所形成非常緊密的防護網所致。倘若施打的人少，此防護網會鬆散，防護效果差。