「健康存摺」系統為一線上健康資料查詢系統，提供健保保險對象可隨時隨地便利地查詢個人的健康資料，掌握健康大小事、做好自我健康管理！也可以在就醫時，提供醫師參考，幫助醫師快速掌握個人健康狀況，提升醫療照護安全與品質。
「健康存摺」系統於103年9月25日在健保署官網上線，只要持自然人憑證或已註冊密碼之健保卡，通過身分驗證，即可於「健康存摺」查詢或下載個人的健康資料。
自105年7月起，為提升服務效能，「健康存摺」系統進行全面改版，包括：資料視覺化呈現、增加外部衛教連結、擴大資料提供範圍，以及提升「健康存摺」取得可近性及使用便利性等功能，希望能讓「健康存摺」為民眾發揮最佳功能。
健康存摺提供整合跨機關、跨單位之醫療資料，及健保保險計費、繳納資料，內容如下：
- 西、中、牙醫門診及手術、用藥資料、檢驗資料、影像或病理檢查資料： 提供自登入日前2日起近三年特約醫院、診所及藥局等醫事機構申報及健保卡上傳之就醫資料，並於每日更新健保卡上傳資料之內容， 例如：108年03月29日登入系統，可查詢105年03月01日至108年03月27日之西醫、中醫、牙醫、手術、用藥資料，以此類推。
- 住院資料： 提供自登入日前2日起近三年特約醫事機構申報及健保卡上傳之住院就醫資料，並於每日更新健保卡上傳資料之內容， 例如：108年03月29日登入系統， 可查詢105年01月01日至108年03月27日之住院就醫資料，以此類推。
- 過敏資料： 提供特約醫院及診所等醫事機構自104年1月1日起上傳之過敏資料（不含104年1月1日前之資料）。
- 出院病歷摘要：提供自104年1月1日起特約醫事服務機構上傳之出院病歷摘要資料，另因特約醫事服務機構上傳資料需作業時間，故資料呈現有時間落差。
- 器捐或安寧緩和醫療意願： 提供衛生福利部醫事司檢送之器官捐贈意願或安寧緩和醫療意願資料，另因意願書簽署至檢送本署需至少20個工作天，故資料呈現有時間之落差， 如對本資料有疑義者，請洽衛生福利部(電話：02-85906666)或台灣安寧照顧協會(電話：02-28081585)或財團法人器官捐贈移植登錄中心(電話：02-23582088)。
- 成人預防保健結果： 提供特約醫事服務機構向國民健康署申報之成人預防保健檢查結果資料，前開資料依規定於提供成人預防保健服務日之次月一日起六十日內傳輸至本署系統或登錄於本署網頁，故資料呈現上有時間落差，另因資料為特約醫事服務機構人工輸入，故部分資料恐有缺漏或誤植。如對本資料有疑義者，請洽提供檢查之醫事服務機構或國民健康署(02-25220888)。
- 預防接種資料： 提供衛生福利部疾病管制署檢送之預防接種資料，如對本資料有疑義者，請洽疾病管制署(電話：02-23959825分機3679)。
- 健保卡狀況及領卡紀錄：提供最近一年健保卡領卡紀錄及卡號。
- 保費計費明細：提供最近一年以被保險人身分投保之「保費計費明細」，於每月20日更新資料，例如：108年03月29日登入可查詢107年03月月至108年02月之「保費計費明細」，以此類推；若於前述資料區間未以被保險人身分投保，則無法提供「保費計費明細」。
- 保險費繳納明細：提供自登入日前7日起近一年保險費繳納明細，例如：108年03月29日登入系統，可查詢107年03月22日至108年03月22日繳納明細資料，以此類推；僅提供以被保險人身分投保之一般保險費資料。
